"Гаплогруппа — группа схожих гаплотипов, имеющих общего предка, у которого произошла мутация, унаследованная всеми потомками (обычно — однонуклеотидный полиморфизм)."
Пока не очень понятно...
Понятно только, что кто-то, какая-то группа имеет общего предка. Здесь, в этой теме, уже писала об общем предке по женской линии - Митохондриальной Еве.
Если судить по теме Калачакра, где начался разговор о гаплогруппах, то в них есть общий Адам...
"Гаплотип (сокр. от «гаплоидный генотип») — совокупность аллелей на локусах одной хромосомы, обычно наследуемых вместе. Если же при кроссинговере комбинация аллелей меняется (что происходит очень редко), говорят о возникновении нового гаплотипа. Гаплотип может быть как у одного локуса, так и у целого генома. Генотип определенных генов диплоидной особи состоит из двух гаплотипов, расположенных на двух хромосомах, полученных от матери и отца соответственно."
Тэк-с... опять непонятно. Да еще с утра...

Надо углубляться дальше по гиперссылкам. Вспомнить, что такое аллели и локусы, когда-то с этим разбиралась...
Кроссинговер... немного помню, это какая-то история при образовании зиготы. Когда не просто удваивается хромосомный набор, за счет соединения двух клеток, но и они еще обмениваются как-то своими участками.
"Локус (лат. locus — место) в генетике означает местоположение определённого гена на генетической или цитологической карте хромосомы[1]."
Вот это уже понятно...
В той же статье "Локус" в Вики:
" Вариант последовательности ДНК в данном локусе называется аллелью."
Итак, "Если же при кроссинговере комбинация аллелей меняется (что происходит очень редко), говорят о возникновении нового гаплотипа."
То есть редко, но могут происходить изменения в комбинациях азотистых оснований ДНК, вернее, изменения в комбинациях аллелей, и тогда появляется новый гаплотип.
Но в исходном определении шла речь еще и о мутациях. Мутации происходят под воздействием обычно среды или состояния организма, это не кроссинговер. Но тоже способ изменения в ДНК, каких-то последовательностей.
Причем написано: обычно - однонуклеотидный полиморфизм.
Это касается изменения лишь одного азотистого основания.
"Однонуклеотидный полиморфизм (ОНП, англ. Single nucleotide polymorphism, SNP, произносится как снип) — отличия последовательности ДНК размером в один нуклеотид (A, T, G или C) в геноме (или в другой сравниваемой последовательности) представителей одного вида или между гомологичными участками гомологичных хромосом."
Если обобщить... то некогда у какого-то общего предка группы произошла мутация в одном аз. основании, и все его потомки, которые унаследовали ее, эту мутацию, независимо от происходящих после этого естественных процессов изменения ДНК путем кроссинговера при слиянии мужской и женской половых клеток, образуют так называемую гаплогруппу.
А впрочем... при кроссинговере, о котором написано, что он бывает редко, тоже появляется новая гаплогруппа.
Значит, гаплогруппы появляются либо при мутации, либо при кроссинговере. Но правда о последнем в учебнике биологии читала как о довольно естественном процессе, и что как будто он происходит не так уж редко. Ну, значит редко...
А, ну понятно... здесь должен быть не просто кроссинговер, а еще должна измениться комбинация аллелей, чтобы появился новый гаплотип... вот это бывает редко, а не сам кроссинговер.
Ну в общем, что-то стало понятно, новый гаплотип появляется при редких изменениях в ДНК, вызванных мутацией или кроссинговером с дополнительным условием.
"Кроссинго́вер (от англ. crossing over — пересечение) или перекрёст — процесс обмена участками гомологичных хромосом во время конъюгации в профазе I мейоза."
Ну тогда прошу прощения, кроссинговер это видимо не при образовании зиготы происходит, а при обычном делении клеток... хотя может и там тоже. Но в общем для гаплотипа несущественно, когда он происходит, главное, что происходит...
Ну и не совсем при обычном... происходит кроссинговер, а при мейозе, т.е. при образовании гамет, половых клеток. Значит, не случайно помнила, что это как-то связано с размножением.